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https://api.pagar.me/1/transactions//refund
O estorno parcial obedece as mesmas regras de um estorno total, e usa o parâmetro amount como referência para o valor a ser estornado. É bom observar que o status da transação vai permanecer paid até que o valor total da transação tenha sido estornado.
Caso a compra tenha sido feita por Boleto bancário, você precisa informar os dados da conta bancária que irá receber o valor estornado ou mesmo o id desta conta, que pode ser gerado através da rota /bank_accounts.